I was previously writing about the diamond version error but realized that it was a more fundamental problem rooted from the installation.
I used conda to instal humann3 but give me this error:
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
*setuptools-59.2.0 | 1.0 MB | ################################################################# | 100% *
*scipy-1.7.2 | 22.1 MB | ################################################################# | 100% *
*biom-format-2.1.10 | 10.5 MB | ################################################################# | 100% *
*pillow-8.4.0 | 706 KB | ################################################################# | 100% *
*h5py-3.4.0 | 1.4 MB | ################################################################# | 100% *
*pysam-0.17.0 | 2.9 MB | ################################################################# | 100% *
*cryptography-36.0.0 | 1.7 MB | ################################################################# | 100% *
*biopython-1.79 | 2.6 MB | ################################################################# | 100% *
*future-0.18.2 | 715 KB | ################################################################# | 100% *
*cffi-1.15.0 | 227 KB | ################################################################# | 100% *
*bx-python-0.8.11 | 1.1 MB | ################################################################# | 100% *
*numpy-1.20.3 | 5.8 MB | ################################################################# | 100% *
*click-8.0.3 | 147 KB | ################################################################# | 100% *
*python-3.9.7 | 27.5 MB | ################################################################# | 100% *
*kiwisolver-1.3.2 | 80 KB | ################################################################# | 100% *
*fonttools-4.28.2 | 1.5 MB | ################################################################# | 100% *
*tbb-2020.2 | 1.5 MB | ################################################################# | 100% *
*bowtie2-2.4.2 | 15.9 MB | ################################################################# | 100% *
*python-lzo-1.12 | 19 KB | ################################################################# | 100% *
*matplotlib-base-3.5. | 7.4 MB | ################################################################# | 100% *
*tzdata-2021e | 121 KB | ################################################################# | 100% *
*statsmodels-0.13.1 | 11.4 MB | ################################################################# | 100% *
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: failed
ERROR conda.core.link:_execute(502): An error occurred while installing package ‘conda-forge::cached_property-1.5.2-pyha770c72_1’.
FileNotFoundError(2, “No such file or directory: ‘/home01/e1376a01/.conda/envs/biobakery3_2/bin/python3.9’”)
Attempting to roll back.
Rolling back transaction: done
FileNotFoundError(2, “No such file or directory: ‘/home01/e1376a01/.conda/envs/biobakery3_2/bin/python3.9’”)
I tried to install ‘cached_property-1.5.2’ and then install humann3 in the same conda environment but it would give me different package installation error.
I am currently using HPC and didn’t have this problem when I installed humann3 on my mac.
What could be the source of this error?
