I guess the options (--input1 --input2) should be replaced by --input.
https://huttenhower.sph.harvard.edu/kneaddata/
Paired-End Inputs:
$ kneaddata --input1 $INPUT1 --input2 $INPUT2 --reference-db $DATABASE --output $OUTPUT_DIR
$ kneaddata --input1 seq1.fastq --input2 seq2.fastq -db $DATABASE --output kneaddata_output
$ kneaddata --input1 seq1.fastq --input2 seq2.fastq -db bact_rrna_db -db human_rna_db --output seq_out
usage: kneaddata [-h] [--version] [-v] [-i1 INPUT1] [-i2 INPUT2]
$kneaddata -h
usage: kneaddata [-h] [--version] [-v] -i INPUT -o OUTPUT_DIR
-i INPUT, --input INPUT
input FASTQ file (add a second argument instance to run with paired input files)