Biobakery_workflows wmgx

biobakery_workflows wmgx --input ./ --output …/workflow_output/ --bypass-strain-profiling
(Mar 30 12:17:04) [ 1/21 - 4.76%] ** Skipped ** Task 8: metaphlan_count_species
(Mar 30 12:17:04) [ 2/21 - 9.52%] **已跳过 ** 任务 7:metaphlan_join_taxonomic_profiles
(3 月 30 日 12:17:04)[3/21 - 14.29%] **已跳过 ** 任务 5:metaphlan____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:04) [ 4/21 - 19.05%] **已跳过 ** 任务 4:kneaddata_read_count_table
(3 月 30 日 12:17:04) [ 5/21 - 23.81%] **已跳过 ** 任务 0 : kneaddata____SRR13300632
(Mar 30 12:17:04) [ 5/21 - 23.81%] **Ready ** Task 9: humann____SRR13300632
(Mar 30 12:17:04) [ 5/21 - 23.81%] **Started **任务 9:人类____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[6/21 - 28.57%] **失败 ** 任务 9:humann____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[7/21 - 33.33%] **失败 ** 任务 11 :humann_count_alignments_species
(3 月 30 日 12:17:07)[8/21 - 38.10%] **失败 ** 任务 12:humann_regroup_UniRef2EC____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[9/21 - 42.86%] 失败任务 14:humann_join_tables_ecs
(3 月 30 日 12:17:07)[10/21 - 47.62%] **失败 ** 任务 17:humann_renorm_ecs_relab____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[11/21 - 52.38%] 失败 任务 20:humann_join_tables_ecs_relab
(3 月 30 日 12:17:07)[12/21 - 57.14%] **失败 ** 任务 23:humann_count_features_ecs
(3 月 30 日 12:17:07)[13/21 - 61.90%] * *失败 ** 任务 13:humann_join_tables_genefamilies
(3 月 30 日 12:17:07)[14/21 - 66.67%] **失败 ** 任务 15:humann_join_tables_pathabundance
(3 月 30 日 12:17:07)[15/21 - 71.43%] **失败 ** 任务 16 :humann_renorm_genes_relab____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[16/21 - 76.19%] **失败 ** 任务 19:humann_join_tables_genes_relab
(3 月 30 日 12:17:07)[17/21 - 80.95%] **失败 **任务 22:humann_count_features_genes
(3 月 30 日 12:17:07)[18/21 - 85.71%] **失败 ** 任务 18:humann_renorm_pathways_relab____SRR13300632
(3 月 30 日 12:17:07)[19/21 - 90.48%] 失败 任务 21:humann_join_tables_pathways_relab
(3 月 30 日 12:17:07)[20/21 - 95.24%] **失败 ** 任务 24:humann_count_features_pathways
(3 月 30 日 12:17:07)[21/21 - 100.00%] * *失败 ** 任务 25:humann_merge_feature_counts
运行已完成的
任务 9 失败
名称:humann____SRR13300632
原始错误:
执行操作 0 时出错。原始异常:
回溯(最近一次调用最后一次):
文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/runners .py”,第 201 行,在 _run_task_locally
action_func(task)
文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/helpers.py”,第 89 行,在 实际上
_sh ret = _sh(s , **kwargs)
文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/util/init .py ”,第 320 行,在 sh 中
引发 ShellException(proc.returncode, msg.format( cmd, ret[0], ret[1]))
anadama2.util.ShellException: [Errno 1] 命令`humann --input /home/lk/PRJNA685168/workflow_output/kneaddata/main/SRR13300632.fastq --output /home/lk/PRJNA685168/workflow_output/humann/main --o -log /home/lk/PRJNA685168/workflow_output/humann/main/SRR13300632.log --threads 1 --taxonomic-profile /home/lk/PRJNA685168/workflow_output/metaphlan/main/SRR13300632_taxonomic_profile.tsv ‘失败。
Out: b’输出文件将被写入:/home/lk/PRJNA685168/workflow_output/humann/main\n’
Err: b’CRITICAL ERROR: 找不到 Diamond 可执行文件。请检查安装。\n’

嗨,这个过程花了我很长时间,但显示失败,
希望你回答。