# Biobakery\_workflows wmgx **URL:** \ **Category:** bioBakery workflows\ **Created:** [April 1, 2022, 4:08pm UTC](https://forum.biobakery.org/t/biobakery-workflows-wmgx/3388 "2022-04-01T16:08:55Z")\ **Posts on this page:** 2\ **Page:** 1
**Author:** ![Frankie](https://yyz1.discourse-cdn.com/flex027/user_avatar/forum.biobakery.org/frankie/32/1513_2.png) [@Frankie](https://forum.biobakery.org/u/Frankie)\ **Post date:** [April 1, 2022, 4:08pm UTC](https://forum.biobakery.org/t/biobakery-workflows-wmgx/3388/1 "2022-04-01T16:08:55Z")
biobakery\_workflows wmgx --input ./ --output …/workflow\_output/ --bypass-strain-profiling (Mar 30 12:17:04) [1/21 - 4.76%] \*\* Skipped \*\* Task 8: metaphlan\_count\_species (Mar 30 12:17:04) [2/21 - 9.52%] \*\*已跳过 \*\* 任务 7：metaphlan\_join\_taxonomic\_profiles （3 月 30 日 12:17:04）[3/21 - 14.29%] \*\*已跳过 \*\* 任务 5：metaphlan\_\_\_\_SRR13300632 (3 月 30 日 12:17:04) [4/21 - 19.05%] \*\*已跳过 \*\* 任务 4：kneaddata\_read\_count\_table (3 月 30 日 12:17:04) [5/21 - 23.81%] \*\*已跳过 \*\* 任务 0 : kneaddata\_\_\_\_SRR13300632 (Mar 30 12:17:04) [5/21 - 23.81%] \*\*Ready \*\* Task 9: humann\_\_\_\_SRR13300632 (Mar 30 12:17:04) [5/21 - 23.81%] \*\*Started \*\*任务 9：人类\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[6/21 - 28.57%] \*\*失败 \*\* 任务 9：humann\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[7/21 - 33.33%] \*\*失败 \*\* 任务 11 ：humann\_count\_alignments\_species （3 月 30 日 12:17:07）[8/21 - 38.10%] \*\*失败 \*\* 任务 12：humann\_regroup\_UniRef2EC\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[9/21 - 42.86%] **失败** 任务 14：humann\_join\_tables\_ecs （3 月 30 日 12:17:07）[10/21 - 47.62%] \*\*失败 \*\* 任务 17：humann\_renorm\_ecs\_relab\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[11/21 - 52.38%] **失败** 任务 20：humann\_join\_tables\_ecs\_relab （3 月 30 日 12:17:07）[12/21 - 57.14%] \*\*失败 \*\* 任务 23：humann\_count\_features\_ecs （3 月 30 日 12:17:07）[13/21 - 61.90%] \* \*失败 \*\* 任务 13：humann\_join\_tables\_genefamilies （3 月 30 日 12:17:07）[14/21 - 66.67%] \*\*失败 \*\* 任务 15：humann\_join\_tables\_pathabundance （3 月 30 日 12:17:07）[15/21 - 71.43%] \*\*失败 \*\* 任务 16 ：humann\_renorm\_genes\_relab\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[16/21 - 76.19%] \*\*失败 \*\* 任务 19：humann\_join\_tables\_genes\_relab （3 月 30 日 12:17:07）[17/21 - 80.95%] \*\*失败 \*\*任务 22：humann\_count\_features\_genes （3 月 30 日 12:17:07）[18/21 - 85.71%] \*\*失败 \*\* 任务 18：humann\_renorm\_pathways\_relab\_\_\_\_SRR13300632 （3 月 30 日 12:17:07）[19/21 - 90.48%] **失败** 任务 21：humann\_join\_tables\_pathways\_relab （3 月 30 日 12:17:07）[20/21 - 95.24%] \*\*失败 \*\* 任务 24：humann\_count\_features\_pathways （3 月 30 日 12:17:07）[21/21 - 100.00%] \* \*失败 \*\* 任务 25：humann\_merge\_feature\_counts 运行已完成的 任务 9 失败 名称：humann\_\_\_\_SRR13300632 原始错误： 执行操作 0 时出错。原始异常： 回溯（最近一次调用最后一次）： 文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/runners .py”，第 201 行，在 \_run\_task\_locally action\_func(task) 文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/helpers.py”，第 89 行，在 实际上 \_sh ret = \_sh(s , \*\*kwargs) 文件“/home/lk/.local/lib/python3.7/site-packages/anadama2/util/init **.py** ”，第 320 行，在 sh 中 引发 ShellException(proc.returncode, msg.format( cmd, ret[0], ret[1])) anadama2.util.ShellException: [Errno 1] 命令`humann --input /home/lk/PRJNA685168/workflow\_output/kneaddata/main/SRR13300632.fastq --output /home/lk/PRJNA685168/workflow\_output/humann/main --o -log /home/lk/PRJNA685168/workflow\_output/humann/main/SRR13300632.log --threads 1 --taxonomic-profile /home/lk/PRJNA685168/workflow\_output/metaphlan/main/SRR13300632\_taxonomic\_profile.tsv ‘失败。 Out: b’输出文件将被写入：/home/lk/PRJNA685168/workflow\_output/humann/main\n’ Err: b’CRITICAL ERROR: 找不到 Diamond 可执行文件。请检查安装。\n’ 嗨，这个过程花了我很长时间，但显示失败， 希望你回答。 ---
**Author:** ![PeiJenWang](https://yyz1.discourse-cdn.com/flex027/user_avatar/forum.biobakery.org/peijenwang/32/1484_2.png) [@PeiJenWang](https://forum.biobakery.org/u/PeiJenWang)\ **Post date:** [May 30, 2022, 11:56pm UTC](https://forum.biobakery.org/t/biobakery-workflows-wmgx/3388/2 "2022-05-30T23:56:45Z")
要先去 [GitHub - biobakery/humann: HUMAnN 3.0 is the next generation of HUMAnN 1.0 (HMP Unified Metabolic Analysis Network).](https://github.com/biobakery/humann) 這裡下載 Diamond 檔。 ![image](https://canada1.discourse-cdn.com/flex027/uploads/biobakery/original/2X/c/c30e95b5721a43bb7e9ff6742014e9021d69605e.png)